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詳細劇情
「闇之書事件」（參照魔法少女奈葉A's）的10年後。踏入19歳的高町奈葉、菲特·T·哈洛溫、八神疾風三人，懷抱著彼此的友情牽絆、爲了追求各自的夢想實現而加入時空管理局，並以一流魔導師的身分活躍。
在此當中，出現了新發現的太古遺產「聖遺晶石」（レリック），以及以此爲目標而出現的謎樣機械兵器「共鳴拓發者」（ガジェットドローン）。爲了迅速對應日後被稱爲「聖遺晶石事件」的狀況，八神疾風考慮到設置能夠迅速對應的獨立部隊的必要性，設立了專責處理與太古遺產關連任務的特殊部隊——「機動六課」。
另一邊，時間回溯到四年前。昴·中島在遭到機場火災捲入而幾乎喪命之際，由於奈葉的出現而得救。因爲憧憬著如同「自己理想中的形象」一般的奈葉，昴在當晚的滿天星空之下，做出了「成爲管理局的魔導師」的決定。
四年後，經過一番波折而順利成爲管理局的新進魔導師的昴，與訓練校時代的夥伴蒂雅娜...
